Родиной йоркширского терьер являются графства Йоркшир и Ланкашир в северной Англии. Его возможными предком называют уотерсайдского терьера. Этих собак держали крестьяне, которым было запрещено заводить больших собак, чтобы они не браконьерствовали на землях, принадлежавших знати. Небольшие собачки охраняли дома от грызунов и сопровождали своих хозяев в торговых поездках вдоль рек и каналов (отсюда и название).
Некоторые специалисты называют в числе предков йорков и мальтийских болонок, хотя они значительно отличаются от них: у мальтезе висячие уши и белый окрас. Йорков скрещивали с болонками, чтобы улучшить качество шерсти, структуру волоса и получить шелковистость. В пользу этой теории говорит то, что у светлых йорков часто очень хорошее качестов шерсти.
Пейсли-терьер, 1903 г.
В Манчестере также был свой вид терьеров — манчестерский терьер (англ.). Заводчикам удалось получить его разновидность с мягкой, длинной и шелковистой шерстью. Все эти породы и стали предками йоркширского терьера.

Выведением новой породы занялись ткачи, работавшие на новых фабриках. Им удалось вывести собаку с длинной шелковистой шерстью голубовато-стального цвета с чистыми золотисто-коричневыми подпалинами. Йорки того времени были больше современных, обычным для них был вес 6—7 кг. Новая порода под названием «йоркширский голубой с подпалинами шелковистошерстный терьер» быстро завоевала популярность, вытеснив другие разновидности небольших английский терьеров.

Одним из первых знаменитых представителей породы стал Хаддерсфилдский Бен. Он родился в Хаддерсфилде у У. Иствуда в 1865 году и был продан миссис М. А. Фостер из Бредфорда. Бен был результатом инбридинга в двух поколениях. В возрасте 6 лет Бен погиб, попав под экипаж. За свою короткую жизнь он успел выиграть 74 приза на различных выставках и соревнованиях. Бен оставил многочисленное потомство и до сих пор упоминается как «отец породы».